Para comunicações, acredito - já que as portas paralelas eram lpt (ou portas de impressora de linha) e as portas seriais eram usadas para comunicações.
Curiosamente, ainda não encontrei nenhuma referência que confirme isso até agora - é o mais próximo que posso encontrar de um referência , mas parece ser dado como certo em windows e dos. Não há acrónimo ou acrónimo para COM, tanto quanto eu posso dizer
(Curiosamente no linux, eles são chamados tty - que se refere a uma máquina de teletipo)