no final da instalação / configuração, parece que três arquivos de objeto são ignorados devido a uma incompatibilidade de arquitetura.
cc -arch i386 -arch x86_64 -pipe -bundle -undefined dynamic_lookup -o ext.bundle ext.o match.o matcher.o -L. -L/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/1.8/usr/lib -L. -arch i386 -arch x86_64 -lruby -lpthread -ldl -lobjc
ld: warning: ignoring file ext.o, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
ld: warning: ignoring file match.o, file was built for unsupported file format which is not the architecture being linked (i386)
ld: warning: ignoring file matcher.o, file was built for unsupported file
É possível que esses arquivos estivessem lá anteriormente, talvez não construídos pelo seu sistema, mas transportados pelo pacote de arquivos de alguma maneira?
Talvez uma remoção dos arquivos objeto (tornar limpa?) e uma reconstrução possam ajudar?
Definitivamente, no entanto, como sua falha de link lento mostra que seu sistema não pode encontrar algo ... talvez sejam esses arquivos de objetos.