ISO é o formato errado para discos rígidos - você quer alguma forma de imagem de disco esparso ou um formato projetado para discos rígidos.
O DD é um pouco oldschool, mas faz cópias pouco perfeitas de drives - considere o uso de um dos Variáveis orientadas para o resgate do Linux ou desta ou de outras construções para janelas .
Se você quiser uma solução de backup e restauração fácil, crie uma imagem da unidade com o clonezilla e restaure conforme necessário.
Em uma situação ideal, para sistemas x86, você deseja convertê-los em máquinas virtuais - o vmware tem uma ferramenta para isso em Windows ou você pode usar a versão básica do prodiscover para fazer isso, eu acredito.
Você pode montar um vmdk com vmware diskmount em que acredito ou montar uma imagem dd com fileddisk . O produto supracitado deve permitir que você leia e copie arquivos de qualquer um deles também. Os VMDKs são uma imo 'melhor', mas a imagem básica do dd é muito mais compatível. Todas essas opções resultarão em imagens de disco idênticas ao original que você pode acessar. Considere armazenar esses compactados, pois eles provavelmente serão grandes.