O mais provável é o Skim & A visualização tem bugs, pois não respeita o sinalizador Interpolate na imagem. Costumávamos ter um bug semelhante no SumatraPDF .
Se for esse o caso, infelizmente não há nada que você possa fazer.
Você pode tentar defini-lo explicitamente como falso (é supostamente falso por padrão, mas é possível que o Skim & Preview presuma que seja verdadeiro e funcionaria corretamente se for definido explicitamente como falso), mas não sei como você pode fazer isso no Illustrator (ou se ele permitir controle de nível).
Você pode se perguntar: de que fala esta bandeira da Interpolate? Infelizmente, explicar isso requer explicar o formato de arquivo PDF, que está além do escopo desta resposta. A bandeira é descrita na página 207 de o PDF especificação (atualmente vinculada a aqui ).