Como David Schwartz aponta em sua resposta, ele foi usado principalmente como uma desculpa para qualquer problema que você tivesse com um software rodando em um "PC" não-IBM. Como os PCs da IBM eram mais caros do que os muitos "PC Clones", eles NÃO eram o que a população em geral estava comprando, então eles realmente só precisavam dar suporte total às pessoas da IBM (geralmente empresas com dinheiro.))
Além disso, havia o fato de que nem todos os "PC Clones" daquela época (início dos anos 80) eram 100% compatíveis com hardware. Isso se tornou principalmente um problema para o software que estava usando o Assembly para acessar diretamente endereços de hardware, registradores de CPU (etc.) que eram padrão no IBM PC original, mas não podem ser implementados de forma idêntica no "clone".
A partir da entrada da Wikipedia em "computadores compatíveis com IBM PC ":
The original "clones" of the IBM Personal Computer were created without IBM's participation or approval. Columbia closely modeled the IBM PC and produced the first "compatible" PC (i.e., more or less compatible to the IBM PC standard) in June 1982 closely followed by Eagle Computer. Compaq Computer Corp. announced its first IBM PC compatible a few months later in November 1982—the Compaq Portable. The Compaq was the first sewing machine-sized portable computer that was essentially 100% PC-compatible. The company could not directly copy the BIOS as a result of the court decision in Apple v. Franklin, but it could reverse-engineer the IBM BIOS and then write its own BIOS using clean room design.
At the same time, many manufacturers such as Xerox, HP, Digital, Sanyo, Texas Instruments, Tulip, Wang and Olivetti introduced personal computers that were MS DOS compatible, but not completely software- or hardware-compatible with the IBM PC.