O motivo pelo qual isso não está funcionando para você, como foi dito anteriormente, é porque o usuário precisaria acessar o caminho completo, não apenas aquele diretório específico. A melhor resposta é remover a estrutura de diretório de / root. Você não deve fazer nada no diretório raiz nem permitir que nada seja instalado ou executado a partir dele. A única vez em que você deve efetuar login na raiz é para tarefas de administração do sistema. Se você precisar executar um aplicativo com privilégios elevados, execute-o como um serviço ou crie um usuário específico, como o Apache ou o MySql.
Um grande problema com isso é observar sua estrutura atual que o aplicativo terá privilégios de root, portanto, se um invasor conseguir executar código mal-intencionado por meio de uma exploração, ele poderá causar danos incalculáveis ao sistema host. Se o aplicativo estava associado à sua própria conta, ele só poderia ser uma ameaça para si mesmo, não para o sistema maior.
Dito isto, se este for um aplicativo da Web, o servidor deverá ter 755 permissões e os usuários que se conectarem a ele terão, por extensão, os privilégios do servidor. Se essa pessoa for um usuário local que precisa de direitos para administrador do servidor, adicione sua conta de usuário ao grupo associado a esse aplicativo em particular e defina as permissões de grupos de acordo.