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Ele pode ter uma codificação de fonte personalizada que atribui pontos de código a caracteres de uma maneira incompatível com codificações estabelecidas, como ASCII ou UTF-8 / Unicode.
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Pode renderizar caracteres individualmente fora da sequência
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Ele pode ter caracteres achatados em caminhos
Para tornar o texto pesquisável, a melhor maneira pode ser voltar para a fonte original (por exemplo, um documento do Word) e usar um processo diferente para produzir o PDF. Como alternativa, você pode tentar renderizar seu PDF atual como um bitmap e depois usar o OCR, mas isso será entediante e produzirá resultados insatisfatórios.