Se a empresa tiver feito backups ou tiver cópias em outras máquinas, talvez você esteja com problemas.
Se você está preocupado apenas com arquivos em sua máquina e tem a capacidade de instalar programas, eu daria uma olhada em Fileshredder , ele deve ser capaz de excluir os arquivos e torná-los não recuperáveis.
Sysinternal também faz uma ferramenta de linha de comando, chamada sdelete