Basicamente, certifique-se de não estar fazendo as coisas que podem acionar filtros de spam, como:
- Incluindo URLs
- Cabeçalhos incorretos / não típicos (por exemplo, incluem a versão html, mas não a versão simples)
- Enviando e-mails para vários usuários
- Inclua conteúdo que aciona filtros de spam
etc.
Sugiro que você encontre um especialista em spam sobre como evitar isso, para que também possa testar seus e-mails. O especialista em spam pode avaliar seus e-mails e informar onde gastar seu tempo na melhoria de seu software.
Além disso, se possível, crie algum tipo de mecanismo que ofereça uma taxa de sucesso automatizada, de modo que, se os filtros de spam mudarem de uma maneira que torne o software menos bem, você será notificado imediatamente.