Por padrão, o Tmux "assume" a seleção de texto com um mouse e aciona sua própria seleção interna para uso com seu próprio recorte e colagem.
Se você quiser usar a seleção do sistema operacional, para poder usar o sistema de cortar e colar do sistema operacional, mantenha pressionado shift ao selecionar.
Em seguida, cortar e colar funcionará normalmente.