A saída cannot stat... está sendo enviada para stderr , não stdout . Para o exemplo específico que você fornece na pergunta, o seguinte irá suprimir a saída do erro, redirecionando stderr para /dev/null :
cp -rf Functional Functionalssssssss 2>/dev/null
Além disso, pelo menos para a versão de cp no meu servidor Linux Debian, -f não é um sinalizador universal de 'silêncio'. Em vez disso, é um sinônimo para --force , o que significa que cp silenciosamente apagará qualquer arquivo de destino existente antes de copiar.