A resposta depende de quanto de conspiração você é.
A tecnologia é capaz de impedir que os rootkits se apossem de partes críticas do sistema de arquivos, mas a mesma tecnologia pode ser usada para impedir o carregamento de um sistema operacional "não aprovado" - onde Não Aprovado é definido pelo fabricante do sistema, não pelo proprietário disso.
Acredito que (no momento) o Secureboot pode ser desativado no BIOS e qualquer sistema pode ser inicializado. É, no entanto, possível que um fabricante possa remover a funcionalidade para desabilitar o Secureboot [Talvez um grande provedor de sistemas operacionais lance dinheiro neles], o que poderia limitar o que pode ser feito com ele.
Para conferir "O que é possível", considere Smartphones. Alguns [como os telefones com a marca Google e Samsung] podem carregar qualquer versão do Android - por exemplo, com suporte da Cyanogenmod, enquanto outros são bloqueados no sistema operacional com o qual eles vêm e não podem ser atualizados - acredito que a LG faz isso e a Motorola fazia isso (Minha esposa tinha um Motorola que não pode ser atualizado a partir de uma antiga versão 2.x do Android - obsolescência forçada - eu noto que sua possível Motorola mudou, pois agora são propriedade do Google). De qualquer forma, os bootloaders bloqueados são comuns em celulares, portanto, se você está olhando para os impactos, pode ser um lugar útil para fazer uma analogia a partir de.