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Você precisa gerenciar explicitamente seus arquivos com o git-annex. Se você quiser editar um arquivo, precisa desbloqueá-lo. Quando você mudou você tem que adicionar a nova versão ao anexo. Você pode descartar as alterações feitas também.
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Claro. Isso pode ser um problema de desempenho. Depende do tamanho do arquivo e do desempenho IO da sua máquina. Todo arquivo que você deseja editar deve ser duplicado para substituir o link simbólico.
Você pode querer dar uma olhada no Assistente do Anexo (Particularmente em mês 1 e 2). O assistente está sendo executado em segundo plano e mantém o controle de suas alterações.
Além disso, você pode definir o conteúdo preferido por repositório com o assistente. Por exemplo. Todo arquivo é copiado automaticamente para sua unidade de backup ou novos arquivos de mídia vão para a sua estação de TV. Vale a pena observar de perto a lista de recursos.
Eu não sei se o git-annex é o que você está procurando. Talvez você queira usar uma conta de caixa de depósito paga ou até mesmo AeroFS