Eu costumo usar Winmerge para comparar árvores. Você pode, obviamente, usá-lo para fazer alguma fusão, mas você não precisa. E é grátis.
Eu tenho > 100 pastas que gostaria de comparar. Eu não quero mesclar, mas simplesmente certifique-se de que o conteúdo dessas pastas é o mesmo. Como posso fazer isso no Windows e sem o Beyond Compare?
Eu costumo usar Winmerge para comparar árvores. Você pode, obviamente, usá-lo para fazer alguma fusão, mas você não precisa. E é grátis.
Qualquer bom utilitário de comparação binária cmp no estilo Unix com uma opção recursiva fará o que você deseja. Não tenho certeza se o cmp do Cygwin vai fazer isso, mas o cmp que incluo com o meu shell Hamilton C certamente o fará. Divulgação completa: sou o autor.