Supondo que você esteja executando o Windows, essa questão é relevante, independentemente de você estar executando-o como um sistema operacional convidado em uma VM ou não. O script AHK sugerido pelo iglvzx é relevante em princípio; mas pode não ajudar se o problema impedir você de executá-lo. Eu sugiro o seguinte script:
; The following command will normally cure a stuck modifier key. The hotkey
; uses all 4 modifiers because this is the only combination that is guaranteed
; to work if any of them (without knowing which) is/are logically stuck.
^+#!m:: ; Control-Shift-Windows-Alt-M
Send, {Shift Up}
Send, {LShift Up}
Send, {RShift Up}
Send, {Alt Up}
Send, {LAlt Up}
Send, {RAlt Up}
Send, {Control Up}
Send, {LControl Up}
Send, {RControl Up}
Send, {LWin Up}
Send, {RWin Up}
MsgBox 0, Stuck Modifier, Fix ran., 1
Return
Você pode colocar o script em um arquivo .ahk e colocar um atalho para ele na sua pasta de inicialização para que ele esteja sempre disponível em caso de 'emergência'. Se você não gosta de ver o ícone da bandeja AHK, adicione uma linha com #NoTrayIcon no começo. Se você não gostar da breve confirmação de que o script foi executado, você pode excluir essa linha MsgBox.