Não vai destruir o seu diretório pessoal ... mas há algumas coisas que você pode querer que ele tenha destruído.
Quando você alterna as distribuições, é provável que você obtenha versões diferentes (possivelmente mais antigas) de aplicativos que salvaram a configuração ou o estado em seu diretório inicial. Acredito que seria melhor criar um novo diretório inicial e, depois da instalação, restaurar todos os arquivos de "dados" que você deseja preservar ... em vez de preservar / copiar todos os arquivos de ponto .