Você pode usar o comando find e dd juntos para escrever recursivamente os arquivos, um de cada vez:
find /folder/folder1 -type f | while read line; do dd if=/dev/zero of=$line bs=1k count=1024; done
Então você pode apenas rm -rf o diretório pai:
rm -rf /folder/folder1
Isso não será um processo rápido, mas fará o trabalho. Certamente há ferramentas melhores do que usar o dd para isso.