No Windows 7, você pode montar um .VHD como uma unidade. Esse é o formato de disco rígido virtual usado por máquinas virtuais e pelo Windows Backup (para backup completo do PC somente no cliente Windows e para todos os backups no Windows Server). Nenhuma compressão ou criptografia. A redução de desempenho durante o uso normal é mínima. Afinal, as pessoas estão executando máquinas virtuais inteiras dessa maneira.
Os metadados NTFS e a busca de disco podem levar a uma sobrecarga substancial em arquivos pequenos. Por exemplo, copiar 10.000 arquivos com menos de 10 KB cada para um disco rígido USB prosseguirá com cerca de 300 arquivos por segundo. São 30 segundos para copiar os arquivos individualmente, contra 10 segundos para copiá-los em um bloco. (A diferença torna-se ainda mais impressionante com as unidades internas ou eSATA, já que a taxa de transferência do bloco é maior. Os SSDs são tão grandes em acesso aleatório que podem não importar de nenhuma maneira.)
Mas os arquivos de 500 KB são grandes o suficiente para que o impacto seja limitado. Você teria que fazer um benchmark e ver.