Você já usou "Salvar como ..." e escolheu um nome de arquivo diferente depois que sua página substituiu as operações?
Com "Salvar como ..." você notará que o Acrobat indica várias etapas de "consolidações" e "otimizações" enquanto salva o arquivo.
Simples "Salvar" não fará isso. Por exemplo, se você "Excluir" uma página, "Salvar" marcará a página + seu conteúdo como "ocultos", enquanto todos os bits + bytes da página "excluída" ainda fazem parte do arquivo. O "Salvar como ..." removeria esses bits + bytes.
Se você de fato sempre usar "Salvar como ...", tente re-destilar o PDF:
Se você tiver uma versão completa do Acrobat (não apenas do AcroReader), imprima o arquivo na impressora chamada "Acrobat PDF" e escolha um nome de arquivo diferente.
Se você tiver apenas o Acrobat Reader, você pode usar o Ghostscript com uma linha de comando similar a:
gswin32c.exe ^
-sDEVICE=pdfwrite ^
-dBATCH ^
-dNOPAUSE ^
-sOutputFile=my-redistilled-original.pdf ^
c:/path/to/original.pdf'