Você pode usar o rsync para sincronizar o conteúdo de dois diretórios. A opção -u/ --update tem o efeito
skip files that are newer on the receiver
Você pode usar rsync -auvh dir1/ dir2/
-a = modo de arquivo. Permite uma carga completa de opções, como recursão.
-v e -h são opções detalhadas e legíveis por humanos. Não é vital, mas útil para ver o que está acontecendo.
Eu sugiro que você execute qualquer comando rsync primeiro com a opção —dry-run para poder verificar resultados inesperados.