Estou executando vários aplicativos de 32 bits no meu sistema Ubuntu de 64 bits (também 9.10), e não foi muito doloroso. Você pode precisar das bibliotecas de 32 bits (eu precisava de ia32-libs e util-linux, acredito), e você pode ter alguma configuração para fazer, mas pelo menos achei que é possível. Eu não compilei aplicativos de 32 bits no meu sistema; Eu suspeito que seria um pouco mais difícil.
Como o Ubuntu é baseado no Debian, este artigo pode lhe dar um pouco mais de conhecimento.
Apenas para contexto, estou executando o FlexBuilder Alpha, Firefox, Eclipse e um Flex & Java SDK tudo em 32 bits sem problemas.
Se você tem aplicativos muito específicos de que precisa, considerou a execução em uma VM? Eu absolutamente amo VirtualBox , e isso pode lhe poupar algumas dores de cabeça desnecessárias.