Isso parece estar relacionado a ícones de aplicativos.
Em Configurações - > Desktop, vá para a guia Menus e desmarque a opção "Mostrar ícones do aplicativo no menu" no menu Área de trabalho.
Isso deve acelerar instantaneamente - você pode alternar a configuração para trás e para frente e ela muda em tempo real para comparar. Eu costumava ter esse problema, mas depois de desmarcá-lo o menu aparece instantaneamente se você pode viver sem os ícones. Eles poderiam fazer com cache deles ou algo assim, eu acho.
Aliás, isso não afeta o menu Aplicativos no painel. Se você usar isso para lançar coisas, você pode simplesmente desativar todo o menu Aplicativos no menu da área de trabalho para obter o mesmo aumento de velocidade.