Você desejará desfragmentar a unidade dentro da máquina virtual (para obter tudo em uma ordem lógica) e compactar a unidade usando o Virtual PC. Embora eu não tenha o Virtual PC instalado aqui no trabalho, as instruções sobre como compactar um disco rígido virtual são bem diretos. Depois de concluir a operação de compactação, o arquivo deve ter o mesmo tamanho que o espaço realmente usado.
Naturalmente, lembre-se de que a unidade expandirá novamente conforme o espaço for necessário e não diminuirá até que outra compactação seja realizada.