Não há nada incomum sobre a execução de um sistema operacional a partir de uma unidade flash USB; muitas distribuições Linux são otimizadas para esse propósito.
Na verdade, há um laptop sendo vendido sem qualquer armazenamento interno - você pode inicializar uma variedade de sistemas operacionais a partir de chaves USB.
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'Quebrado' como o seu, por design.
A resposta curta: sim, é seguro executar um sistema operacional a partir de uma unidade flash USB.
Quanto às suas preocupações com a expectativa de vida da memória flash, isso foi discutido ad nauseam. As interwebs estão cheias de discussões mais ou menos conclusivas sobre o assunto.