De SyncToy 2.0 - Perguntas frequentes
Q. SyncToy 2.0 appears not to sync deleted files when I have the sync option set to 'Echo'
A. This can happen if the files are updated on the right. This includes if the file was touched by an anti-virus program, music player, etc. To confirm that this is indeed the case - change the sync option to "Synchronize" and do a "Preview" sync. Do NOT hit run because this will sync changes from the right to the left. If on a preview you see updates from the right to the left folder, this means it was changed on the right. The only workaround in this case would be to manually delete the file on the right. And do not forget to change your sync option back to "Echo".
Eu estou supondo que este é o seu problema, porque acabei de verificar no meu computador, o "Eco" exclui as pastas corretamente.
Precisões no "Echo". O método "Eco" no SyncToy irá ecoar as alterações da esquerda para a direita. Mas, para evitar a perda de dados, ele não cuidará das pastas e arquivos criados depois. Normalmente, no seu caso, você quer que ele apague as pastas que você criou depois, mas em geral, eu duvido que você espere que a ferramenta de backup apague os dados dos quais não deveria cuidar.