Existem 3 possíveis pontos de estrangulamento para isso:
1- a velocidade do disco rígido
2- a velocidade da interface (USB, SATA)
3- a velocidade do sistema operacional e o aplicativo usado para copiar
1- discos rígidos hoje são capazes de ~ 100 MBps, notebooks HDDs usados em gabinetes externos de 2,5 "talvez um pouco mais lentos (60-80 MBps). Você pode atingir essa velocidade somente ao copiar arquivos grandes e sequenciais, copiando vários arquivos pequenos precisará de muitos movimentos mecânicos do braço de alavanca no HDD, o que reduzirá substancialmente a velocidade de transferência.
2- Se a sua escolha for entre USB3 (5000 Mbps) vs. USB2 (500 Mbps), escolha sempre USB3. Se você precisar de 2 dessas portas, use um hub. A taxa de transferência máxima de um HDD USB2 é de cerca de 30 MBps, e em USB3 ainda x10.
3- Se você usa o Windows Explorer, isso pode ser muito, muito lento, principalmente se o número de arquivos a serem copiados for de 10.000s. Use um aplicativo especializado, como o TeraCopy, que usa buffer (próprio) para maximizar a taxa de transferência. Um benefício adicional é que ele verifica automaticamente a integridade do arquivo da cópia calculando uma soma de verificação.
Portanto, resumindo: conecte os dois HDDs ao hub USB3, conecte o hub à porta USB3 e use um utilitário de cópia.