O comando convert
do ImageMagick pode fazer exatamente isso.
$ convert oldfile.jpg -quality 4 newfile.jpg
Isso levará o JPEG original e irá compactá-lo novamente para o nível de qualidade 4 e salvá-lo como um novo arquivo JPEG.
Há muitas outras coisas que o convert
pode fazer, incluindo o redimensionamento, o recorte, a filtragem, a maioria das coisas que o Photoshop pode fazer de forma interativa.