A variável global general_log ativa e desativa o logging (desativado por padrão) para o destino de log atualmente selecionado. Se não for especificado nenhum que esteja registrando na tabela mysql.general_log:
If --log-output is omitted or given without a value, the default is FILE. (For MySQL 5.1.6 through 5.1.20, the default logging destination is TABLE.)
Para ativar o registro em arquivo, você terá que reiniciar o MySQL especificando --log-output=FILE
(ou o equivalente my.cnf)
Para registrar na tabela, vale a pena observar:
For new installations of MySQL 5.1.6 or higher, the log tables are created during the installation procedure along with the other system tables. If you upgrade MySQL from a release older than 5.1.6 to MySQL 5.1.6 or higher, you must upgrade the system tables after upgrading to make sure that the log tables exist. See Section 4.4.8, “mysql_upgrade — Check Tables for MySQL Upgrade”.
Seção 4.4.8 do manual do MySQL diz:
mysql_upgrade examines all tables in all databases for incompatibilities with the current version of MySQL Server. mysql_upgrade also upgrades the system tables so that you can take advantage of new privileges or capabilities that might have been added.
Vale a pena ler essa parte do manual para garantir que suas tabelas de sistema estejam corretas e na versão correta.
Ah, e não posso enfatizar isso o suficiente:
Faça backup dos seus bancos de dados antes de fazer algo parecido com isto