Eu daria uma olhada nos muitos formatos wiki suportados pelo Universal Wiki Converter projeto executado pelo Confluence. É um projeto mantido ativamente e eles parecem estar bem interessados em garantir bons resultados com uma variedade de wikis de entrada. Como o torbeng mencionou, o Foswiki é uma opção (anteriormente chamada Twiki). Eu fiz uma conversão do Twiki para o Confluence usando o UWC e ele fez um trabalho bem razoável.
O principal conselho que eu daria a você se você está escrevendo agora é manter apenas os recursos básicos do wiki (uma vez que alguns dos recursos mais avançados e marcação podem não ser suportados no conversor), e definir algumas marcações padrão para suas páginas para que, se necessário, você possa hackear a fonte do UWC para dobrá-lo à sua vontade. Melhor ainda, decida sobre um formato e faça uma simulação com o UWC.
Além disso, se você não tem muitos desenvolvedores, eu acho que você pode rodar um pequeno servidor Confluence (10 usuários) por $ 10, então essa pode ser a melhor opção.