Pessoalmente, uso o GnuPG para armazenar minhas senhas.
As senhas são armazenadas em arquivos criptografados. Sempre que eu começo o mutt, ele tenta descriptografar as senhas e o GnuPG automaticamente me pede a senha para a minha chave privada. As senhas são então lembradas pelo vira-lata para a sessão atual e esquecidas depois.
A configuração da Mutt é assim:
set my_pw1='gpg --batch -q --decrypt ~/.mutt/acc1pw'
set my_pw2='gpg --batch -q --decrypt ~/.mutt/acc2pw'
set imap_pass=$my_pw1
set smtp_pass=$my_pw2
As duas primeiras linhas carregarão as senhas criptografadas e as duas últimas linhas as definirão como as senhas IMAP e SMTP, respectivamente. Você também pode usar apenas uma senha em vez de duas, a razão pela qual eu uso senhas diferentes é porque tenho várias contas que não estão no mesmo servidor.
Para armazenar suas senhas em arquivos criptografados, você precisa ter certeza de que armazena apenas suas senhas, sem caracteres adicionais (que incluem novas linhas). Você pode fazer isso a partir da linha de comando:
$ gpg --encrypt -r RECIPIENT > ~/.mutt/acc1pw
my_password<Ctrl+D>
Isso deve funcionar da maneira que você preferir. Você precisará de um par de chaves públicas / privadas do GnuPG para que isso funcione da maneira que eu postei acima. Tanto quanto eu sei, o GnuPG também pode fazer criptografia simétrica, mas eu nunca tentei isso, então sua milhagem pode variar. A manpage deve ser capaz de ajudá-lo com isso.