Você pode tentar colocar na lista negra todos os arquivos .md do pacote de preenchimento automático.
Abra Configurações > Pacotes e encontre um pacote chamado autocomplete-plus . Vá para as Configurações e adicione *.md ao campo Lista negra de arquivos .
Espero que, a partir de agora, você não experimente o autocompletar em seus arquivos do Markdown.