Esse é um problema geral. O protocolo FTP não suporta nenhum mecanismo padrão de bloqueio de arquivos.
É possível solucionar isso fazendo o upload de um arquivo para um nome de arquivo temporário; e renomeá-lo para um nome final quando o upload for feito somente.
Caso o protocolo SFTP seja uma opção para você, o cliente WinSCP SFTP / FTP pode fazer isso de forma transparente para qualquer upload. Infelizmente, ele suporta isso apenas com o protocolo SFTP, não com o FTP. Veja Resumo automático / transferência para o arquivo temporário na documentação do WinSCP.
(eu sou o autor do WinSCP)