Pessoalmente, eu não procuraria por uma nova ferramenta, mas por envolver seu fluxo de trabalho em um script para impor a ordem correta.
Eu suponho que você tenha alguma maneira de identificar a ordem correta, caso contrário, isso não será possível. Idealmente, você teria os arquivos nomeados de forma que eles caíssem automaticamente na ordem correta:
01ChapterTitleOne.pdf
02ChapterTitleTwo.pdf
etc.
e assim por diante. Você pode ter o número do capítulo no final (como no exemplo de Michael), que quebra o tipo. Nesse caso, você deve adicionar uma etapa ao seu script de fluxo de trabalho que renomeie os arquivos para que eles caiam na ordem correta.
Contanto que os arquivos sejam nomeados consistentemente, isso não deve ser um problema. Se você puder compartilhar mais informações sobre a nomenclatura, tenho certeza de que podemos criar um script BASH para fazer isso.
Depois de ter tudo corretamente nomeado, você poderá usar o mesmo comando iniciado na segunda etapa do script de fluxo de trabalho. Se isso não funcionar, você precisará de um script BASH um pouco mais complexo que faça um loop sobre os arquivos na ordem correta.
Tudo isso é padrão para scripts BASH, mas tudo gira em torno de uma nomenclatura consistente dos arquivos.