Ao usar o comando Sed, você precisa de -i
para alterar o arquivo. Sem você, o -i será impresso no stdout e você poderá verificar se o comando funcionará para você.
tente sed -i "s/publicKeyToken=\"[0-9][a-z]*//g"
Além disso, há um comando para excluir uma linha que começa com algo. se você quiser apagar a linha publicKeyToken você pode usar
sed -i '/pattern to match/d' ./infile
ou seja, sed -i '/publicKey/d' yourfile.text
Este site tem uma boa ajuda sobre o que os comandos fazem,
Ajuda Sed
Veja também Resposta de estouro de pilha para excluir a linha