Depois de alguns dias de tentativas, finalmente consegui resolver o problema. Acontece que foi realmente um bug no BIOS AHCI descrito em esta discussão . Então eu iniciei usando o CD Parted Magic e montei um pendrive com uma cópia do wxHex Editor . Ran o editor e alterou manualmente os dois bytes (0x1C3 e 0x1C4) do MBR em ambos os discos para os valores sugeridos pelo link acima (0xFE e 0xFF). Rebooted e voilà, ambos os discos foram reconhecidos com sucesso!