O MongoDB não é um aplicativo, mas um serviço - ele não possui uma interface gráfica por si só. É usado somente através de outros aplicativos, para armazenar e recuperar dados; mais comumente por sites (diaspora *, Craigslist, por exemplo).
Ao escrever um programa você mesmo, você usaria um "driver" para se conectar ao banco de dados de qualquer idioma que você usa. Por exemplo, em Python (modo interativo):
$ python
>>> import pymongo
>>> connection = pymongo.Connection("localhost")
>>> db = connection.testdatabase
Existem aplicativos para navegar pelo conteúdo inteiro do MongoDB; a maioria deles está listada na página UIs do administrador no site do MongoDB.