O sistema pode ter o vim instalado por padrão, e a versão que você instalou via Centro de Software é apenas uma versão mais recente e outra que recebe atualizações automáticas. Se você quiser ver onde o vim está e se livrar dele, execute este comando no terminal:
which -a vim
Isso mostrará todos os locais onde o executável do vim é encontrado. Você pode removê-los se quiser se livrar completamente do vim (o que você realmente não precisa fazer, e não é aconselhável a menos que haja alguma razão você absolutamente tem para).