Quanto tempo dura o cabo? Realisticamente, com cat5e, você deve ficar abaixo de 300 pés (máximo é em torno de 325, mas mesmo em condições ideais de casa, você não vai chegar perto disso e manter gigabit).
Como você protegeu os cabos? Para que os cabos mantenham sua integridade, você deve certificar-se de que o revestimento nunca esteja visivelmente vincado ao prendê-los (ou seja, as pistolas de grampo são uma má ideia).
Quais são as configurações duplex em todos os dispositivos em questão? Você obterá um link com a taxa duplex mais baixa e, nos casos em que ambos estiverem afirmando velocidades específicas diferentes (ou seja, uma tentando 1000, uma tentando 100), você poderá obter todos os tipos de problemas estranhos.