As diferenças podem parecer sutis no uso real, mas:
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libappindicator1está vinculado por meio do GTK2 -
libappindicator3-1está vinculado via GTK3 .
Pode haver coisas mais profundas que você possa analisar, mas isso deve levá-lo à direção correta. Nada a ver com a versão do Python. Todo o trabalho pesado é feito através da introspecção do GObject .
Ah, parece haver uma diferença na versão do libindicator de cada também.