Eu notei o mesmo comportamento quando negrito uma fonte já em negrito. Aparência no Inkscape e o SVG permanece inalterado, esteja ou não em negrito, mas o PDF tem a aparência de estar em negrito duas vezes quando o negrito está ativado. Portanto, a correção é garantir que o negrito seja desativado para essas fontes, mesmo que não pareça fazer nenhuma diferença no Inkscape.
Eu obtenho o mesmo comportamento em 0.48.4 no Linux, assim como 0.48.5 no OS X.