O Word 2007, bem como todos os aplicativos do Office 2010, suportam o MathML, para que você possa colar as equações diretamente no Mathematica, desde que você tenha certeza de copiar apenas as partes da equação, mas não o texto ao redor.
Na versão antiga do Office, a única solução que conheço é uma imagem (vetorial). Se você copiar a equação enquanto estiver no Equation Editor, ela será colada no Mathematica como EMF (ou seja, escalável de alta qualidade, mas não editável)