Eu não acho que a senha do MySQL raiz tenha algo a ver com meus problemas. Para resolver isso eu encontrei minha senha atual da conta mysql do ispconfig aqui.
vi /usr/local/ispconfig/server/lib/config.inc.php
...
$conf['db_password'] = 'VERYLONGPASSWORDSTRING';
...
Eu, então, restaurei a senha da conta ispconfig do MySQL.
mysql -u root -p
mysql> use mysql
mysql> update User set Password = PASSWORD('VERYLONGPASSWORDSTRING') WHERE User = 'ispconfig';
Eu poderia então passar corretamente pela página de login do ISPConfig.