O driver do kernel para NTFS está desatualizado, então na maior parte do tempo você usa o driver ntfs3g com o FUSE. O FUSE está no espaço do usuário, então será um pouco mais lento, mas não deve ser um grande problema, a menos que você esteja realmente martelando o sistema. Eu usei apenas para grandes flash drives USB e recuperar dados de estações de trabalho, e não notei um grande impacto no desempenho.
Usar o NTFS para o seu diretório home definitivamente será melhor do que usar o FAT32, mas mais do que isso, não sei dizer.
O Ext4 é bom para o root, mas é menos tolerante à perda de energia do que o ext3, se isso for um problema.
Já considerou apenas executar janelas no VirtualBox ou no KVM? Eu sei que para jogos 3D pode não funcionar, mas é uma opção razoável para muitas coisas. E você pode compartilhar seu diretório pessoal do linux em sua VM com alguns cliques do mouse.