De vez em quando um programa em execução no seu sistema fica chateado porque algumas partes dele foram atualizadas, mas, geralmente, tudo que você precisa para sair do programa e reiniciá-lo. Além das atualizações do kernel, como mencionado acima, você não precisa reiniciar.
Um fator importante neste comportamento mais civilizado é que o Linux / UNIX não possui um sistema de registro como o Windows. Eu não sei exatamente a mecânica dele, mas o Windows mantém seu registro bloqueado quando está em execução e, muitas vezes, a única maneira de modificá-lo é reiniciar o sistema para que as alterações no registro possam ser instaladas enquanto não estão sendo usadas.
No outro lado da moeda, se você atualizar seu kernel, alguns programas que você pode ter compilado (por exemplo, executando make com um pacote que veio em um tarball) podem parar de funcionar quando você atualiza um kernel até que você recompile-os. O vmware player é assim, embora às vezes se conserte. Isso faz parte do motivo dos carregadores de inicialização, como o grub, manter versões antigas do kernel como opções de menu de inicialização.