De acordo com o oficial FAQ do WineHQ :
Os arquivos MSI não podem ser executados diretamente, você precisa usar o programa msiexec . msiexec é uma ferramenta para instalar pacotes .msi. Arquivos MSI podem ser instalados no Wine a partir do terminal da seguinte forma:
wine msiexec /i whatever-filename.msiAlternativamente:
wine start whatever-filename.msiIsso executará o programa MSI da mesma forma como se você tivesse clicado duas vezes no Windows.