Muitas vezes, um programa faz muito mais do que apenas copiar arquivos para \ Arquivos de Programas durante a instalação. Pode haver centenas de entradas de registro, e até mesmo arquivos DLL compartilhados e instalados em C: \ Windows em algum lugar.
É muito raro você simplesmente copiar um programa de um computador para outro (que é basicamente o que você está fazendo limpando e reinstalando o Windows) e fazer com que funcione.
Eu sei que é uma dor, mas a maneira mais segura de garantir que tudo funcione corretamente será reinstalar seus programas.