O problema é que o Outlook precisa de um local para armazenar itens locais, como suas tarefas, calendários, anotações, etc. Com os servidores de email IMAP, seu email fica no servidor IMAP e pode ter sua própria estrutura de pastas à parte da estrutura de pastas locais. É por isso que você vê as duas 'árvores'. Quando você usa o Outlook com servidores de email POP3, o POP3 funciona de maneira diferente; o correio é baixado do servidor POP3 e, em seguida, armazenado em suas pastas de correio locais (e, em seguida, normalmente excluído do servidor POP3). Então você só vê uma 'árvore'.
Você menciona que com o Exchange você não vê o 'Arquivo de Dados do Outlook', porque o Outlook funciona diretamente com o servidor do Exchange, e o servidor do Exchange é seu 'Arquivo de Dados do Outlook'. Ou seja, o servidor Exchange é o local de armazenamento de todos os nossos emails, tarefas, anotações, calendário etc. Se você adicionar uma conta IMAP, deverá ver a caixa de correio do Exchange e a estrutura de pastas IMAP similarmente.
Para responder às suas perguntas diretamente: Não sei se você pode definir se vários painéis estão ocultos ou exibidos por padrão; você pode conseguir isso por meio das Políticas de Grupo, mas não tenho certeza. Eu suspeito que você precisaria ir para as máquinas individuais e apenas fazer essas coisas e então ele vai lembrar como você tem as coisas organizadas. No entanto, você pode remover a versão do arquivo de dados do 'Inbox' e outras pastas dos favoritos e, em vez disso, adicionar as versões do IMAP (elas terão uma aparência diferente).
Com relação às configurações de Lixo Eletrônico, há uma diferença quando você está usando o servidor Exchange. O próprio servidor Exchange é [geralmente] capaz de lidar com mensagens indesejadas, e ele pode digitalizar e mover mensagens para a pasta de lixo eletrônico sem a intervenção do Outlook. Isso é diferente de um servidor IMAP, lembrando-se novamente de que seu email reside no servidor IMAP, o Outlook não está monitorando ativamente as mensagens recebidas para você. Em vez disso, quando você se conecta ao servidor IMAP, o servidor IMAP informa ao Outlook qual mensagem está aguardando para ser lida. Na maioria das vezes, você precisaria ter uma filtragem de lixo eletrônico do lado do servidor para lidar efetivamente com o lixo.
Espero que ajude, mesmo que provavelmente não seja as respostas que você queria.