Em seu arquivo ~ / .ssh / config (crie-o se ele já não existir), você pode especificar qual chave usar com a diretiva IdentityFile:
IdentityFile ~/path/to/your/key
Você pode usar essa diretiva dentro de uma seção "Host" se desejar apenas usar essa chave para um determinado host. Por exemplo:
Host *.example.com
IdentityFile ~/.ssh/identity-example.com
Se você executar "ssh -v hostname", as informações de depuração deverão confirmar se estão usando a chave que você especificou.