Eu fiz isso no passado. Não deve haver razão para que o BIOS UEFI se preocupe com o que você está fazendo aqui, apenas certifique-se de desligar cada sistema corretamente antes de trocar a unidade.
Eu quero instalar o Windows em um SSD recém-adquirido e, dependendo das minhas necessidades, eu poderia trocá-lo (isto é, substituir a unidade inteira) pelo existente que atualmente possui uma instalação do Ubuntu. Meu laptop tem um slot de unidade interna e por várias razões eu não quero lidar com inicialização dupla. Observe que trocar as unidades não aconteceria com muita frequência. Eu usaria o Windows talvez 2 dias por mês e o Linux o resto.
Existe algum risco envolvido quando feito corretamente? No passado, encontrei problemas que levaram a recuperações, porque o UEFI, por algum motivo, não reconhecia mais a unidade antiga quando eu trocava a unidade anterior de volta.
Para esclarecer: os dois sistemas operacionais estão instalados no mesmo dispositivo, portanto, os drivers e o hardware não entrarão em conflito.