Supondo que você pretenda atrasar a primeira entrada inteira em 10000 amostras,
ffmpeg -i one.mp3 -i two.mp3 -shortest -filter_complex \
"[0:a]adelay=10000|10000,volume=0.4[a0]; \
[1:a]volume=5.0[a1]; \
[a0][a1]amix=inputs=2[out]" \
-map "[out]" -ac 2 -c:a libfdk_aac output.m4a